正看護師と准看護師、どちらに進学するか迷っています。

普通高校と商業高校では、確かに単位に違いがありますが、現実的な視点で言えば、高校受験時の学力、つまり中学時代の学習状況がどうであったかがより重要です。
特に、准看であれば、ほぼ中学学習内容の試験ですので、なおさらです。正看にしても、受験科目の入試対策を進める上で、中学内容は、その基礎となっています。

合格できるかどうかは、試験の出来具合、作文・面接での評価で、決定されるものと考えてください。商業高校出身それ自体が、ハンデになることは決してありません。
受験されるなら、正看にしろ、准看にしろ、いずれにしても、入試でハイスコアを取れる入試対策をしていくことが先決です。
あとは、作文や面接で、あなた自身の看護に掛ける抱負や熱意を上手に伝えることで、合格は勝ち取れるものと思います。